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Haciendo Ciencia Abierta

Clase 1

Ignacio Sarmiento-Barbieri

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Agenda

  • Motivación

  • Ética

  • Problemas

  • Soluciones

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Motivacion

  • Confiabilidad en la evidencia

    • Fraude

    • Incapacidad de Reproducir Resultados

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Estudio Número de artículos (solicitudes) Reproducción intentada Reproducción exitosa Tasa de reproducción Tasa de reproducción por artículo empírico
Dewald et al (1986) antes del cambio de política 62 5 3 60.0% 4.8%
Dewald et al (1986) después del cambio de política 92 3 2 66.7% 2.2%
McCullough and Vinod (2003) 193 62 14 22.6% 7.3%
Chang and Li (2015) 67 59 29 49.2% 43.3%
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Normas para la investigación ética

  • Normas Mertonianas (Merton 1942)

    • Universalismo

    • Comunalismo

    • Desinterés

    • Escepticismo Organizado

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Universalismo

El conocimiento científico debe ser juzgado únicamente por su validez y mérito intrínseco, independientemente de la nacionalidad, género, religión, posición social o cualquier otra característica personal del científico.

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Comunalismo

los resultados del trabajo científico deben ser compartidos libremente con la comunidad científica y con la sociedad en general.

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Desinterés

Los investigadores deben actuar con imparcialidad y objetividad, buscando el conocimiento por el bien común y no por beneficios personales o intereses privados.

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Escepticismo Organizado

Adoptar una actitud crítica y cuestionadora hacia las afirmaciones y teorías científicas, incluidas las propias.

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Normas en la práctica

(Anderson et al 2007)

  • Universalismo - Particularismo

  • Comunalismo - Secretismo

  • Desinterés - Interés

  • Escepticismo Organizado - Dogmatismo Organizado

  • Gobernanza - Administración

  • Calidad - Cantidad

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Problemas

  • Sesgo de publicación

  • Búsqueda de especificaciones

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16 doritos mas tarde

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Modelo conceptual para aproximar estos problemas

Revisión tipos de error

Decisión sobre H0 La hipótesis nula (H0) es verdadera La hipótesis nula (H0) es falsa
No rechazar H0 Inferencia correcta (verdadero negativo)
Error de Tipo II (falso negativo)
Rechazar H0 Error de Tipo I (falso positivo) Inferencia correcta (verdadero positivo)
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Modelo conceptual para aproximar estos problemas

  • Ioannidis (2005) "Why Most Published Research Findings Are False".

  • Proporciona un marco teórico para entender por qué una gran proporción de los hallazgos científicos pueden ser falsos positivos.

  • Fundamenta en la estadística bayesiana y en varias consideraciones prácticas del proceso de investigación.

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Modelo conceptual para aproximar estos problemas

Valor predictivo positivo (positive predictive value o PPV)

PPV=Pr(V|S)

P(V|S)=P(S|V)P(V)P(S)

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Modelo conceptual para aproximar estos problemas

Valor predictivo positivo (positive predictive value o PPV)

P(V|S)=P(S|V)P(V)P(S)

P(V)=RR+1

  • R como la relación entre el número de “relaciones verdaderas” y “ninguna relación”

P(S|V)=1β P(S|F)=α

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Modelo conceptual para aproximar estos problemas

Valor predictivo positivo (positive predictive value o PPV)

P(V|S)=P(S|V)P(V)P(S)

P(V)=RR+1

  • R como la relación entre el número de “relaciones verdaderas” y “ninguna relación”

P(S|V)=1β P(S|F)=α

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Modelo conceptual para aproximar estos problemas

Valor predictivo positivo (positive predictive value o PPV)

PPV=P(V|S)=(1β)R(1β)R+α

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Modelo conceptual para aproximar estos problemas

Valor predictivo positivo (positive predictive value o PPV)

  • Incorporamos u sesgo del investigador

PPV=(1β)R+uβR(1β)R+α+uβR+u(1α)

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Evidencia del problema

  • Sesgos de publicación

  • Búsqueda de especificaciones

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Soluciones: Promoviendo Ciencia Transparente

  • La investigación puede tener sesgos individuales y en la literatura.

  • El meta-análisis y las revisiones de la literatura tienen limitaciones.

  • Los registros de estudios y planes de análisis previos (PAPs) pueden ayudar a mitigar los sesgos.

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Registros de estudios

  • Los registros de estudios ayudan a encontrar investigaciones y lidiar con el sesgo de publicación.

  • La prescripción de estudios es crucial para la transparencia.

  • Los registros son la norma en la investigación médica para experimentos aleatorios.

  • Los registros a menudo incluyen (o enlazan a) planes de análisis previos (PAP) como parte del protocolo del proyecto.

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Planes de análisis previos (PAPs)

Tres Objetivos:

  • Establecer (y acordar) intenciones y expectativas ex ante

  • Evitar malos análisis de datos ex-post

  • Mejorar diseños

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Planes de análisis previos (PAPs)

¿Qué incluir en un PAP?

  • Diseño del estudio
  • Muestra del estudio
  • Medidas de resultado
  • Familias de efectos
  • Ajuste de pruebas de hipótesis múltiples
  • Subgrupos
  • Dirección del efecto
  • Especificación estadística exacta
  • Modelo estructural
  • ¡Sello que registre cuando fue publicado!
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Planes de análisis previos (PAPs)

Establecer intenciones y expectativas ex-ante

  • Un hallazgo de efecto heterogéneo es más creíble cuando se especifica previamente

  • Las afirmaciones de que los resultados son "sorprendentes" son más creíbles cuando el PAP documenta la expectativa opuesta

  • A veces, los miembros del equipo y los socios no están de acuerdo sobre lo que ''quisimos hacer todo el tiempo'': los PAP son un buen lugar para resolver eso de antemano.

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Planes de análisis previos (PAPs)

Evitar malos análisis de datos ex-post

  • p-hacking

  • Cambio de variables de resultados

  • Análisis de subgrupos por conveniencia

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Planes de análisis previos (PAPs)

Los PAP no son contratos inquebrantables

... eso es probablemente algo bueno
  • ¡La gente prerregistra malos análisis!

  • Aprendemos sobre nuevos / mejores análisis

  • Los revisores tendrán su opinión

    ... con lamentables consecuencias
    • Incluso con los PAP, la gente hace sus malos análisis ex-post todo el tiempo
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Planes de análisis previos (PAPs)

El objetivo principal: mejorar los diseños.

  • El momento de escribir un plan de preanálisis suele ser la primera vez que pensamos en el diseño en su totalidad.

  • Hacer el cambio de "buena idea" a "diseño real" significa ser específico

  • Este es el momento de participar en la declaración de diseño

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Planes de análisis previos (PAPs)

Reportes Registrados

  • son un formato de publicación que enfatiza la importancia de la pregunta de investigación y la calidad de la metodología.

  • Los autores primero escriben un protocolo de estudio detallado en el PAP

  • luego lo envían a una revista antes que el experimento inicie o se recolecten los datos. La revista revisa el plan y da una aceptación en principio o no.

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Soluciones: Reproducibilidad y Transparencia en los procesos analíticos

  • La reproducibilidad en la investigación se refiere a la capacidad de otros investigadores para obtener resultados similares o idénticos al repetir un estudio utilizando la misma metodología y datos.

  • Es un principio fundamental para garantizar la confiabilidad y validez de la ciencia, y juega un papel crucial en la promoción de la transparencia.

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Soluciones: Reproducibilidad y Transparencia en los procesos analíticos

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Soluciones: Reproducibilidad y Transparencia en los procesos analíticos

  • Permite el escrutinio público y la detección de errores

  • Facilita la evaluación crítica de la investigación

  • Promueve la colaboración y el intercambio de conocimiento

  • Combate el sesgo de publicación y búsqueda de especificaciones

  • Aumenta la confianza en la ciencia y la credibilidad de los investigadores

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Soluciones: Reproducibilidad y Transparencia en los procesos analíticos

Plan para el miércoles

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Haciendo Ciencia Abierta

Gracias!!!

Ignacio Sarmiento-Barbieri

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Haciendo Ciencia Abierta

Clase 1

Ignacio Sarmiento-Barbieri

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